Schwerpunkte der künstlerischen Aktivitäten sind neben der süddeutsch-österreichischen Orgelmusik vor allem Werke mit Orchester. Als Continuospieler und Orchestermusiker an Orgel, Cembalo, Harmonium und Hammerklavier musiziert Anton Holzapfel mit den Wiener Philharmonikern, dem Mozarteum Orchester Salzburg, dem Mahler Chamber Orchester und dem Concentus Musicus mit Dirigenten wie Nikolaus Harnoncourt, Riccardo Muti, Ivor Bolton, Peter Schreier, Trevor Pinnock, Christian Thielemann und Daniel Harding.
Sinfonische Werke & Konzerte | Opern | Oratorien & Sakralmusik | Solistische Aktivitäten mit Orchester | Orgelsolo | Historische Clavierinstrumente
Sinfonische Werke und Konzerte
| Wer | Was | Mit Wem | Wann | Wo |
| Berio | Sinfonia | Nott / Wiener Philharmoniker | 2007 | Konzerthaus Wien |
| Haydn | Concerti per l'organo Hob. XVIII | dolce risonanza | 2009 | Haydnfestspiele Eisenstadt |
| Haydn | Londoner Symphonie Hob. I/98 | Welser-Möst / Wiener Philharmoniker | 2009 | PROMS London / Lucerne Festival |
| Haydn | Londoner Symphonie Hob. I/98 | Welser-Möst / Wiener Philharmoniker | 2009 | PROMS London |
| Händel | Concerto per l'organo op 4. Nr.6 | Bolton / Mozarteum Orchester | 2003 | Bachgesellschaft Salzburg |
| Janacek | Taras Bulba | Mackerras / Wiener Philharmoniker | 2007 | Kölner Philharmonie |
| Mahler | Sinfonie der Tausend | Maazel / Wiener Philharmoniker | 1998 | Staatsoper Wien |
| Mahler / Stein | Sinfonie Nr. 4 G-Dur | Wiener Virtuosen | 2003 | Carinthischer Sommer |
| Poulenc | Orgelkonzert | Mitglieder der Brünner Philharmonie | 2002 | Orgelweihe Mistelbach |
| Poulenc | Orgelkonzert | Mark / Camerata ars vivendi | 2015 | Musikverein Wien |
| Respighi | Feste Romane | Muti / Wiener Philharmoniker | 2004 | Musikverein Wien |
| Respighi | Pini di Roma | Muti / Wiener Philharmoniker | 2004 | Musikverein Wien |
| Reutter | Concerto per l'organo | dolce risonanza / Florian Wieninger | 2010 | Stift Heiligenkreuz |
| Saint-Saens | Orgelsinfonie | Ozawa / Wiener Philharmoniker | 2002 | Philharmonisches Abonnement |
| Strauss | Alpensinfonie | Thielemann / Wiener Philharmoniker | 2000 | Musikverein Wien |
| Strauss | Alpensinfonie | Maris Jansson / Wiener Philharmoniker | 2001 | Konzerthaus Wien |
| Strauss | Alpensinfonie | Thielemann / Wiener Philharmoniker | 2011 | Salzburger Festspiele |
| Strauss | Alpensinfonie | Welser-Möst / Wiener Philharmoniker | 2011 | Musikverein Wien |
| Strauss | Also sprach Zarathustra | Sinopoli / Wiener Philharmoniker | 2000 | Valencia |
| Strauss | Also sprach Zarathustra | Thielemann / Wiener Philharmoniker | 2006 | Salzburger Festspiele |
| Vivaldi | Vier Jahreszeiten | Wiener Virtuosen / Rachlin | 2003 | Carinthischer Sommer |
| Vivaldi | Vier Jahreszeiten | Wiener Virtuosen / Rachlin | 2009 | Musikverein Wien |
Opern
| Wer | Was | Mit Wem | Wann | Wo |
| Bartok | Herzog Blaubarts Burg | Eötvos / Wiener Philharmoniker | 2008 | Salzburger Festspiele |
| Busoni | Faust | Nagano / Wiener Philharmoniker | 1999 | Salzburger Festspiele |
| Korngold | Die tote Stadt | Runnicles / Wiener Philharmoniker | 2004 | Salzburger Festspiele |
| Mozart | Cosi fan tutte | Harding / Mahler Chamber Orchestra | 2006 | Theater an der Wien |
| Mozart | Arien | Harding / Wiener Philharmoniker | 2006 | Salzburger Festspiele |
Oratorien und Sakralmusik
| Wer | Was | Mit Wem | Wann | Wo |
| Albrechtsberger | Weihnachtsoratorium | dolce risonanza | 2009 | Musik am 12. |
| Bach | Matthäuspassion | Harding / Wiener Philharmoniker | 2005 | Osterklang |
| Bach | Matthäuspassion | Harnoncourt / Wiener Philharmoniker | 2002 | Osterklang |
| Bach | Matthäuspassion | Harnoncourt / Concentus Musicus | 2014 | Musikverein Wien |
| Bach | Johannespassion | Kantorei St. Martin | 2004 | Kantorei St. Martin |
| Bach | Weihnachtsoratorium | dolce risonanza | 2010 | dolce risonanza |
| Bach | Kantate BWV 82a | Harding / Wiener Philharmoniker | 2011 | Konzerthaus Wien |
| Bach | Kantaten | Harnoncourt / Concentus musicus | 2013 | Musikverein Wien |
| Bach | h-moll-Messe | Muti / Wiener Philharmoniker | 2000 | Pfingstfestspiele Salzburg |
| Bach | h-moll-Messe | Bychkov / Wiener Philharmoniker | 2003 | Osterklang |
| Brahms | Requiem | Barenboim / West-Eastern Divan Orchestra | 2013 | Pfingstfestspiele Salzburg |
| Brahms | Requiem | Welser-Möst / Wiener Philharmoniker | 2009 | Musikverein Wien |
| Bruckner | Te Deum | Ozawa / Wiener Philharmoniker | 2005 | Musica sacra, Rom |
| Bruckner | Te Deum | Jordan / Wiener Philharmoniker | 2014 | Salzburger Festspiele |
| Elgar | The Dream of Gerontius | Rattle / Wiener Philharmoniker | 2009 | Musikverein Wien |
| Fauré | Requiem | Minkowski / Mozarteum Orchester | 2002 | Salzburger Festspiele |
| G.F. Haas | Dialoge | Uraufführung Bolton/ Mozarteum Orchester | 2005 | Stiftung Mozarteum |
| Haydn | Die Jahreszeiten | Ortner / RAI Orchestra Torino | 1996 | Torino |
| Haydn | Schöpfung | Muti / Wiener Philharmoniker | 2001 | Musikverein Wien |
| Händel | Theodora | Harnoncourt / Concentus musicus | 2004 | Musikverein |
| Händel | Alexanderfest | Harnoncourt / Concentus musicus | 2003 | styriarte |
| Händel | Jephta | Harnoncourt / Concentus musicus | 2002 | Musikverein Wien |
| Händel | Saul | Harnoncourt / Concentus musicus | 2015 | Musikverein Wien |
| Honegger | Le roi David | Krampe / Musik am 12. | 2019 | Lutherische Stadtkirche |
| Janacek | Glagolithische Messe | Boulez / Wiener Philharmoniker | 2010 | Musikverein Wien |
| Kurtag | Songs of Sorrows | Nezet-Seguin / Wiener Philharmoniker | 2010 | Mozartwoche Salzburg |
| Martin | Golgotha | Boder / Wiener Philharmoniker | 2004 | Osterklang |
| Mazak | Vesperae | dolce risonanza / Wieninger | 2011 | Stift Heiligenkreuz |
| Mendelssohn | Elias | Welser-Möst / Wiener Philharmoniker | 2005 | Musikverein Wien |
| Mozart | Exsultate, jubilate | Bartoli / Wiener Philharmoniker | 2006 | Musikverein |
| Mozart | Vesperae de dominica | Mackerras / Wiener Philharmoniker | 2008 | Mozartwoche Salzburg |
| Mozart | c-moll-Messe | Bolton / Mozarteum Orchester | 2001 | Salzburger Festspiele |
| Mozart | c-moll-Messe | Christie / Mozarteum Orchester | 2004 | Salzburger Festspiele |
| Mozart | Kirchensonate KV 336 | Brüggen / Mozarteum Orchester | 1999 | Salzburger Festspiele |
| Mozart | Requiem | Nezet-Seguin / Wiener Philharmoniker | 2010 | Mozartwoche Salzburg |
| Mozart | Requiem | Mehta / Wiener Philharmoniker | 2006 | Musikverein Wien |
| Mozart | Requiem | Hager / Wiener Philharmoniker | 2013 | Musica sacra, Rom |
| Mozart | Missa longa | Harnoncourt / Concentus musicus | 2012 | styriarte |
| Schmidt | Buch mit Sieben Siegeln | Hager / Mozarteum Orchester | 2003 | Pisa |
| Szymanovski | Stabat Mater | Rattle / Wiener Philharmoniker | 2004 | Osterklang |
Solistische Aktivitäten mit Orchester
| Wer | Was | Mit Wem | Wann | Wo |
| C.Ph.E. Bach | Konzert für Orgel und Orchester Wq 34 | Obstfeld / Kammerphilharmonie Amadé | 2013 | Herbstliche Musiktage Soest |
| Haydn | Concerti per l'organo Hob. XVIII | dolce risonanza | 2009 | Haydnfestspiele Eisenstadt |
| Händel | Concerto per l'organo op 4. Nr.6 | Bolton / Mozarteum Orchester | 2003 | Bachgesellschaft Salzburg |
| Händel | Concerto per l'organo op 4. Nr.5 | Obstfeld / Kammerphilharmonie Amadé | 2013 | Herbstliche Musiktage Soest |
| Janacek | Glagolithische Messe | Boulez / Wiener Philharmoniker | 2010 | Musikverein Wien |
| Poulenc | Orgelkonzert | Mitglieder der Brünner Philharmonie | 2002 | Orgelweihe Mistelbach |
| Saint-Saens | Orgelsinfonie | Ozawa / Wiener Philharmoniker | 2002 | Philharmonisches Abonnement |
| Schmidt | Buch mit Sieben Siegeln | Hager / Mozarteum Orchester | 2003 | Pisa |
Orgelsolo
| Wer |
| Alain, Albinoni, Albrechtsberger |
| J.S. Bach, C.Ph.E. Bach, Beethoven, Billington, Böhm, Brahms, Bruckner, Buxtehude |
| Couperin, Czerny |
| Dandrieu, David, Duruflé |
| Eben, Ebner, Elgar, Eberlin, Erbach |
| Franck, Frescobaldi, Froberger, Fux |
| Gabrieli, Grieg, de Grigny, Grotz |
| J. Haydn, M. Haydn, Händel, Heiller, Hindemith, Hofhaymer, Hugl |
| Kaufmann, Kerll, Kindermann, Knecht, König, Krebs, Kobrich, Kuchar |
| Liszt, Lübeck |
| Mendelssohn-Bartholdy, Merulo, Messiaen, L. Mozart, W.A. Mozart, G. Muffat, Gl. Muffat, Murschhauser |
| Pachelbel, Pärt, Peyer |
| Quehl |
| Rheinberger, Reger, Reutter |
| Salieri, Saint-Saens, Schein, Scheidemann, Schmidt, Schumann, Schubert, Stanley |
| Techelmann, Tunder |
| Urbanner |
| Vanhall, Vetter, Viadana, Vierne |
| Walther, Widor |
| Zachow, Zipoli |
Historische Clavierinstrumente
| Wer | Was | Mit Wem | Wann | Wo |
| Beethoven | Sonate für Mandoline und Klavier | Tafelklavier Schantz | 2014 | Brahmssaal Musikverein Wien |
| Haydn | Gott erhalte | Hammerklavier Johann Könicke | 2009 | Haydn Haus Wien Museum |
| Haydn | Sieben letzte Worte unseres Erlösers | Hammerklavier Johann Könicke | 2009 | Haydn Haus Wien Museum |
| Lickl | Bearbeitungen von Schubert / Verdi | Physharmonika | 2015 | Brahmssaal Musikverein Wien |
| Schumann | Stücke für Pedalklavier | Pedalklavier Bösendorfer | 2008 | Brahmssaal Musikverein Wien |
| Paix | Tabulaturbuch | Cembalo 1544 | 2016 | Brahmssaal |
